Skutečnost, že AG je církevní gymnázium, se projevuje několika různými způsoby.
- Zřizovatelem školské právnické osoby Arcibiskupské gymnázium je Arcibiskupství pražské, které zřizuje dalších šestnáct škol, které podporuje prostřednictvím Nadace sv. Ludmily.
- Od primy do oktávy mají všichni žáci v rozvrhu zařazenu jednu hodinu týdně předmětu náboženská nauka. Ten seznamuje žáky s evropskou křesťanskou tradicí a nabízí, při respektování svobody jednotlivých žáků, orientaci v učení katolické církve a etických hodnot.
- Ve škole působí školní kaplan, který je k dispozici všem žákům i učitelům bez rozdílu. Na prvním místě realizuje duchovní aktivity pro věřící, ale je i součástí rozšířeného školního poradenského pracoviště, tzv preventivního týmu.
- Na rozdíl od povinné náboženské nauky jsou ve škole dobrovolné aktivity, při nichž se vnitřní účast žáka předpokládá. Jsou popsány v Pastoračním plánu pro příslušný školní rok. Bohoslužby na začátku a konci školního roku a bohoslužbu spojenou s předáváním maturitních vysvědčení považujeme za nedílnou součást našeho školního života.
- Víra v Boha ani příslušnost ke katolické církvi nejsou podmínkou pro studium u na AG. Pro všechny je obohacující setkávání věřících a nevěřících žáků. Přesto nechceme, aby se ke studiu na AG hlásil člověk s apriorním odporem ke křesťanství a ke katolické církvi. AG je financováno přímo od MŠMT prostřednictvím normativů podle počtu vzdělávaných žáků. AG uzavírá se svými žáky smlouvu o vzdělávání za úplatu, jejíž součástí je i platba školného. Finance shromážděné díky školnému jsou využívány především na tzv. nadstandardní hodiny (například jazykové konverzace, dělení hodin), nákup pomůcek a dalšího vybavení školy.
Arcibiskupské gymnázium je katolická škola, avšak neklade si za podmínku, že všichni žáci a učitelé musí být katolíci nebo křesťané. Nechceme budovat přehradu mezi katolíky a lidmi jiného vyznání či bez vyznání. Nabízíme svůj prostor všem, kdo o něj mají zájem a kdo jsou připraveni respektovat naše pravidla.
(Školní vzdělávací program AG „Osm svobodných umění„)